Bersebelahan dengan Pratista dan biara, Pondok Mitra juga merupakan tempat yang sejuk dan indah di mana peserta bisa menikmati pemandangan yang sangat permai. Di samping Pondok Mitra ada Pondok Delapan yang bisa dipakai sebagai kamar tambahan jika Pondok Mitra tidak mencukupi. Pondok Mitra  menyediakan kamar minimum untuk 15 orang dan maksimal 50 orang, yang terdiri dari: 15 kamar peserta @ 2-3 tempat tidur, 2 kamar pembina @ 2 tempat tidur, dan 8 kamar tambahan yang disebut Pondok Delapan @ 2-3 tempat tidur.  Di depan dan belakang kamar terdapat taman yang tertata indah. Dilengkapi juga saung-saung untuk diuskusi, sharing atau merenung, serta perhentian-perhentian Doa Jalan Salib dan Gua Maria.

Terdapat dua buah aula (lantai atas dan bawah) yang masing-masing dapat menampung 50 orang. Aula 1 (atas) didesain dengan meja dan tempat duduk. Disediakan sound-system, white-board lebar dan layar. Aula 2 (bawah) didesain tanpa meja dan kursi. Lantai berkarpet, tersedia sound-system dan white-board.  Selain bisa dipakai untuk pertemuan atau rekreasi, bisa juga dipakai untuk doa bersama.

Untuk kegiatan doa, peserta menggunakan Kapel Katakombe, yang berada di bawah Kapel Santa Helena. Kapel ini berlantai karpet dengan fasilitas sound-system dan perlengkapan liturgi. Di kapel inilah terdapat Corpus Yesus yang unik dan bisa membawa pada suasana doa kontemlatif.

Di Ruang Makan, tersedia meja besar untuk hidangan dan meja-kursi untuk peserta. Penyajian hidangan dengan cara "prasmanan." Selama menikmati hidangan bisa  diiringi alunan musik dari kaset.